这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。
《攻壳机动队：崛起1》将观众带入一个科技与人性激烈碰撞的赛博世界。影片以一起武器走私案为导火索，逐步揭开国家机器背后隐藏的黑暗与阴谋，故事从佐佐木中佐发现某集团的武器走私行为开始，他将证据交给国防省副大臣贞本，却没想到这一举动将自己推向了死亡的边缘。贞本为了掩盖丑闻，不仅销毁了证据，还陷害中佐杀人受贿，最终导致中佐在街头被杀害。而素子在调查过程中，也因为连接中佐的电子脑而感染病毒，产生了虚假记忆，使她的调查之路更加扑朔迷离。
巴特、陀古萨和帕兹等角色也在各自的调查中逐渐拼凑出事件的全貌。巴特作为素子的搭档，一直在追寻真相的同时，也在思考着义体化人类的存在意义。他与素子之间的关系微妙而复杂，既有战友间的信任，也有对素子不断接近危险核心的担忧。陀古萨作为新加入的成员，以其独特的视角和坚韧的性格，为团队带来了新的活力。他在调查娼妓被杀案时，发现了与中佐案件之间的联系，进一步推动了剧情的发展。
这部电影不仅仅是一部简单的科幻动作片，它更是一次关于生命、存在以及自我认知的哲学探讨。在这个几乎所有人都可以通过义体化来增强自身能力的世界里，“我”的定义变得模糊不清。当身体可以被替换，记忆可以被人篡改，那么什么才是真实的自我？这是每一个面对屏幕的人都会不由自主地思考的问题。正如反派傀儡师所说，强大是可以被复制的，但唯有死亡、重生和变迁才能保持真正的胜利。
《攻壳机动队：崛起1》通过其深刻的主题表达、复杂的人物关系构建以及引人入胜的故事叙述，成功地吸引了每一位观众的目光。它不仅仅提供了视觉上的享受，更重要的是激发了人们对于未来社会形态及个体身份认同等问题的思考。